Rapaziada eu enfrentei esse problema e é mais fácil de se resolver do que se imagina.
Bom, se quando você espeta o pendrive no computador, aparece de cara uma janela pedindo para que ele seja formatado, e mesmo atendendo a esse pedido e tentado faze-lo pelo windows, mesmo assim não funciona. Não fique desespero e quebre seu equipamento.
LEIA ATENTAMENTE!
Existe uma forma de concertar tudo usando o Prompt de Comando do Windows, é assim:
1- Execute o Prompt de Comando do Windows como adminstrador (clicando com o botão direito, e escolhendo essa opção.)
2 - Com o programa aberto execute em sequência as seguintes linhas e comando (para quem nunca trabalhou com o Prompt de Comando, é necessário que respeite a grafia das palavras e os espaços entre elas, e pressione enter depois de cada linha de comando, o simbolo > é apenas indicativo não é para digitar).
>diskpart
>list disk (obs: nessa opção vão aparecer todas unidades de armazenamento plugadas na máquina, O PENDRIVE GERALMENTE POSSUI O TAMANHO EM "MB")
>select disk 1 (obs: 1 é só um exemplo, na sua máquina pode está com outro número, 02 por exemplo, ai você coloco o numero 2 na linha de comando).
>clean
>creat partition primary
>format fs=fat32 quick (obs: quando você executar essa linha, ao chegar em 100%, repare que logo abrirá uma janela de execução do pendrive, NÃO FAÇA NADA NELA, continue e vá até o final).
>list partition
>active
Pronto! seu pen drive está salvo e recuperado!
Existe um vídeo muito bacana, no youtube.com, que ensina a fazer tudo isso, esse vídeo foi feito pelo Felipe Gomes. Assista aqui.




















